KEUZE TOETS - Revision history

M Wolvers: /* Hoe ga ik ermee om als ik veel waarden onder of boven een detectielimiet heb? */ Verplaatst naar dedicated page

2024-11-19T11:16:44Z

Hoe ga ik ermee om als ik veel waarden onder of boven een detectielimiet heb?: Verplaatst naar dedicated page

← Older revision		Revision as of 13:16, 19 November 2024
Line 199:		Line 199:

	Om een nieuwe variabele te maken die de rangnummers van de waarden van een scheef verdeelde variabele bevat, kun je gebruik maken van de 'Rank Cases' procedure in het 'Transform' menu.		Om een nieuwe variabele te maken die de rangnummers van de waarden van een scheef verdeelde variabele bevat, kun je gebruik maken van de 'Rank Cases' procedure in het 'Transform' menu.

	~~=Hoe ga ik ermee om als ik veel waarden onder of boven een detectielimiet heb?=~~
	''Wij hebben een bepaalde eiwit in 20 gezonde proefpersonen, 60 patiënten met ziekte A en 60 patiënten met ziekte B gemeten. De waarde van de eiwit was in 9 (45%) van de gezonde proefpersonen, 22 (37%) van de patiënten met ziekte A en 33 (55%) van de patiënten met ziekte B onder de detectielimiet. Ik heb één waarde (assigned value) onder de detectielimiet toegewezen aan alle deelnemers die onder de detectielimiet zaten. Vervolgens heb ik een Wilcoxon-signed-rank toets uitgevoerd. Is dit een valide methode?

	Als een kleine aantal waardes (dus zeg tot 5%) onder de detectielimiet vallen, kan je een assigned value gebruiken. Echter als het percentage waardes onder de detectielimiet stijgt, is het de vraag of je waardes bij elkaar nog echt continu zijn. Dit is omdat een groot aantal waardes dezelfde waarde hebben (de 'assigned value'). De data zijn dan niet meer echt continu, maar een mix van continu en categorisch. Dan voldoen je data niet meer aan de aannames van de Wilcoxon-signed-rank toets. Dit is zeker het geval als 46% (64/140) van je data onder de detectielimiet vallen.

	Een optie om eenvoudig een toets hierop uit te voeren is om de uitkomst van de Granzyme B per patient als onder (0) of boven (1) de detectielimiet te classificeren. Dan kan je een [[Chi-kwadraat_toets \| chi-kwadraat toets]] uitvoeren. Ik vraag me echter af of dit een goede marker is als bijna de helft van de metingen onder de detectielimiet vallen. Verder is er een uitgebreide literatuur op dit vlak, waaronder [https://dx.doi.org/10.4103%2F1477-3163.79681 deze review].

	=Referenties=		=Referenties=

M Wolvers: /* Hoe ga ik om met waarden onder of boven een detectielimiet? */ verplaatst naar dedicated page

2024-11-19T11:16:27Z

Hoe ga ik om met waarden onder of boven een detectielimiet?: verplaatst naar dedicated page

← Older revision		Revision as of 13:16, 19 November 2024
Line 199:		Line 199:

	Om een nieuwe variabele te maken die de rangnummers van de waarden van een scheef verdeelde variabele bevat, kun je gebruik maken van de 'Rank Cases' procedure in het 'Transform' menu.		Om een nieuwe variabele te maken die de rangnummers van de waarden van een scheef verdeelde variabele bevat, kun je gebruik maken van de 'Rank Cases' procedure in het 'Transform' menu.

	~~=Hoe ga ik om met waarden onder of boven een detectielimiet?=~~

	''Ik heb een aantal keer de D-dimeer waarde van personen gemeten en de ondergrens van wat meetbaar is is 0.17. Daarom heb ik een aantal keer <0.17 in mijn database staan. Moet ik nu 0, 0.17, of een waarde ertussen neerzetten voor de analyse? Daarnaast doen we een andere test: de clot-lysis test. Bij 3 deelnemers is het zo dat ze niet lyseren en de waarde dus eigenlijk op oneindig staat (het is een waarde die in tijd tot lyseren wordt uitgedrukt). Er staat nu: 'no lysis'. Kan ik deze deelnemers excluderen van de analyse of moet ik bijv. de bovengrens van wat nog meetbaar is neerzetten?

	Dat hangt er erg vanaf welke analyses je met de data wilt gaan doen. Waarschijnlijk zal SPSS een waarde <0.17 niet herkennen als een getal en mogelijk dat hij deze waardes zelfs zou verwijderen in een analyse. Indien je een niet-parametrische analyse (bijv [[Kruskal Wallis]] of [[Mann-Whitney U toets]]) gaat doen, dan kun je voor deze ‘undetectable’ waardes iedere willekeurige waarde lager dan het eerste wel gemeten getal invullen. Het maakt voor een niet-parametrische toets namelijk niet uit wat de waarde zelf is, alleen de onderlinge volgordes (ranks) van de waardes tellen. Het is dus wel van belang dat iedereen die <0.17 scoort dezelfde waarde krijgt.

	Voor de tweede test hangt het ook weer van de analyse af. Als je de tijd tot lyseren zou analyseren als een ‘tijd tot event’ uitkomst (bijv met [[Survival analyse\|Kaplan Meier analyse of Cox regressie]]), dan zou je hen de laatste tijd moeten geven wanneer je nog zeker was dat ze niet gelyseerd waren (de laatste keer dat je dat hebt gecontroleerd). In een tweede statusvariabele zet je dan een 1 voor degenen die wel en een 0 voor degenen die niet gelyseerd waren. Als je met een non-parametrische toets aan de slag gaat, kun je weer parallel aan eerste casus een willekeurig groot (maar gelijk) getal invullen.

	Als je deze deelnemers excludeert van analyse, dan gelden je conclusies alleen voor deelnemers waarbij er lysis optreedt/bij wie D-dimeer detecteerbaar is. Dat is mogelijk zonde, want niet generaliseerbaar naar alle personen bij wie de test wordt gedaan.

	=Hoe ga ik ermee om als ik veel waarden onder of boven een detectielimiet heb?=		=Hoe ga ik ermee om als ik veel waarden onder of boven een detectielimiet heb?=

M Wolvers: /* Referenties */

2024-05-28T11:25:12Z

Referenties

← Older revision		Revision as of 13:25, 28 May 2024
Line 227:		Line 227:
	Klaar met lezen? Je kunt naar het [[OVERZICHT]] van alle statistische onderwerpen op deze wiki gaan. Of ga terug naar de [[Main_Page\|startpagina]]. Wil je meer leren over biostatistiek? Volg dan de [https://elearningbiostatistics.com AMC e-learning Practical Biostatistics]. Vind je op deze pagina's iets dat niet klopt, werkt een link niet of wil je bijdragen aan de wiki? Neem dan [[meeschrijven \| contact]] met ons op.		Klaar met lezen? Je kunt naar het [[OVERZICHT]] van alle statistische onderwerpen op deze wiki gaan. Of ga terug naar de [[Main_Page\|startpagina]]. Wil je meer leren over biostatistiek? Volg dan de [https://elearningbiostatistics.com AMC e-learning Practical Biostatistics]. Vind je op deze pagina's iets dat niet klopt, werkt een link niet of wil je bijdragen aan de wiki? Neem dan [[meeschrijven \| contact]] met ons op.

	De [[[[Wikistatistiek:About\|wiki biostatistiek]] is een initiatief van de voormalige helpdesk statistiek van Amsterdam UMC, locatie AMC. Medewerkers van Amsterdam UMC kunnen via [https://intranet.amc.nl/web/organisatie/clusters/afdelingsoverzicht/eds-consult.htm intranet] statistische ondersteuning aanvragen.		De [[Wikistatistiek:About\|wiki biostatistiek]] is een initiatief van de voormalige helpdesk statistiek van Amsterdam UMC, locatie AMC. Medewerkers van Amsterdam UMC kunnen via [https://intranet.amc.nl/web/organisatie/clusters/afdelingsoverzicht/eds-consult.htm intranet] statistische ondersteuning aanvragen.

	</div>		</div>

M Wolvers: Aangepast "Onderschrift" aangepast ivm lateralisatie

2024-05-28T11:24:52Z

Aangepast "Onderschrift" aangepast ivm lateralisatie

← Older revision		Revision as of 13:24, 28 May 2024
Line 227:		Line 227:
	Klaar met lezen? Je kunt naar het [[OVERZICHT]] van alle statistische onderwerpen op deze wiki gaan. Of ga terug naar de [[Main_Page\|startpagina]]. Wil je meer leren over biostatistiek? Volg dan de [https://elearningbiostatistics.com AMC e-learning Practical Biostatistics]. Vind je op deze pagina's iets dat niet klopt, werkt een link niet of wil je bijdragen aan de wiki? Neem dan [[meeschrijven \| contact]] met ons op.		Klaar met lezen? Je kunt naar het [[OVERZICHT]] van alle statistische onderwerpen op deze wiki gaan. Of ga terug naar de [[Main_Page\|startpagina]]. Wil je meer leren over biostatistiek? Volg dan de [https://elearningbiostatistics.com AMC e-learning Practical Biostatistics]. Vind je op deze pagina's iets dat niet klopt, werkt een link niet of wil je bijdragen aan de wiki? Neem dan [[meeschrijven \| contact]] met ons op.

	De wiki biostatistiek is een initiatief van de helpdesk statistiek van Amsterdam UMC, locatie AMC. De helpdesk statistiek biedt statistische ondersteuning aan AMC onderzoekers bij het ontwerpen, uitvoeren en rapporteren van statistische analyses. Daarnaast ontwikkelen we ondersteunende producten die toegankelijke uitleg geven over het gebruik van statistiek en statistische software in het medisch onderzoek. Medewerkers van Amsterdam UMC~~, locatie AMC~~ kunnen via [https://intranet.amc.nl/web/organisatie/clusters/afdelingsoverzicht/~~ams~~-~~ccr/diensten-1/helpdesk-statistiek~~.htm intranet] statistische ondersteuning aanvragen.		De [[[[Wikistatistiek:About\|wiki biostatistiek]] is een initiatief van de voormalige helpdesk statistiek van Amsterdam UMC, locatie AMC. Medewerkers van Amsterdam UMC kunnen via [https://intranet.amc.nl/web/organisatie/clusters/afdelingsoverzicht/eds-consult.htm intranet] statistische ondersteuning aanvragen.

	</div>		</div>

M Wolvers: /* Referenties */

2024-05-27T12:29:10Z

Referenties

← Older revision		Revision as of 14:29, 27 May 2024
Line 217:		Line 217:
	Een optie om eenvoudig een toets hierop uit te voeren is om de uitkomst van de Granzyme B per patient als onder (0) of boven (1) de detectielimiet te classificeren. Dan kan je een [[Chi-kwadraat_toets \| chi-kwadraat toets]] uitvoeren. Ik vraag me echter af of dit een goede marker is als bijna de helft van de metingen onder de detectielimiet vallen. Verder is er een uitgebreide literatuur op dit vlak, waaronder [https://dx.doi.org/10.4103%2F1477-3163.79681 deze review].		Een optie om eenvoudig een toets hierop uit te voeren is om de uitkomst van de Granzyme B per patient als onder (0) of boven (1) de detectielimiet te classificeren. Dan kan je een [[Chi-kwadraat_toets \| chi-kwadraat toets]] uitvoeren. Ik vraag me echter af of dit een goede marker is als bijna de helft van de metingen onder de detectielimiet vallen. Verder is er een uitgebreide literatuur op dit vlak, waaronder [https://dx.doi.org/10.4103%2F1477-3163.79681 deze review].

	==Referenties==		=Referenties=
	<biblio>		<biblio>
	#cessie2020 le Cessie S, Goeman JJ, Dekkers OM. Who is afraid of non-normal data? Choosing between parametric and non-parametric tests. European Journal of		#cessie2020 le Cessie S, Goeman JJ, Dekkers OM. Who is afraid of non-normal data? Choosing between parametric and non-parametric tests. European Journal of

M Wolvers: /* Schema welke toets bij welke vergelijking */

2024-05-23T13:16:29Z

Schema welke toets bij welke vergelijking

← Older revision		Revision as of 15:16, 23 May 2024
Line 36:		Line 36:
	! style="background:#efefef;" rowspan="2"\| categorisch (discreet)		! style="background:#efefef;" rowspan="2"\| categorisch (discreet)
	! style= height="100" \| binair		! style= height="100" \| binair
	\| style="" \|[[~~z-test voor~~ proporties \| tests voor enkele proportie]]		\| style="" \|[[proporties \| tests voor enkele proportie]]
	\| style="" \|[[McNemar toets]]		\| style="" \|[[McNemar toets]]
	\| style="" \|[[Chi-kwadraat toets]]/		\| style="" \|[[Chi-kwadraat toets]]/

M Wolvers at 08:41, 11 January 2023

2023-01-11T08:41:18Z

← Older revision		Revision as of 10:41, 11 January 2023
Line 225:		Line 225:

	<div style="background-color:#e8f1ff; margin:0.5em; padding:1em; border:1px solid #C8D0DC;">		<div style="background-color:#e8f1ff; margin:0.5em; padding:1em; border:1px solid #C8D0DC;">
	Klaar met lezen? Je kunt naar het [[OVERZICHT]] van alle statistische onderwerpen op deze wiki gaan. Of ga terug naar de [[Main_Page\|startpagina]]. Wil je meer leren over biostatistiek? Volg dan de [~~http~~://~~www.~~elearningbiostatistics.com AMC e-learning Practical Biostatistics]. Vind je op deze pagina's iets dat niet klopt, werkt een link niet of wil je bijdragen aan de wiki? Neem dan [[meeschrijven \| contact]] met ons op.		Klaar met lezen? Je kunt naar het [[OVERZICHT]] van alle statistische onderwerpen op deze wiki gaan. Of ga terug naar de [[Main_Page\|startpagina]]. Wil je meer leren over biostatistiek? Volg dan de [https://elearningbiostatistics.com AMC e-learning Practical Biostatistics]. Vind je op deze pagina's iets dat niet klopt, werkt een link niet of wil je bijdragen aan de wiki? Neem dan [[meeschrijven \| contact]] met ons op.

	De wiki biostatistiek is een initiatief van de helpdesk statistiek van Amsterdam UMC, locatie AMC. De helpdesk statistiek biedt statistische ondersteuning aan AMC onderzoekers bij het ontwerpen, uitvoeren en rapporteren van statistische analyses. Daarnaast ontwikkelen we ondersteunende producten die toegankelijke uitleg geven over het gebruik van statistiek en statistische software in het medisch onderzoek. Medewerkers van Amsterdam UMC, locatie AMC kunnen via [https://intranet.amc.nl/web/organisatie/clusters/afdelingsoverzicht/ams-ccr/diensten-1/helpdesk-statistiek.htm intranet] statistische ondersteuning aanvragen.		De wiki biostatistiek is een initiatief van de helpdesk statistiek van Amsterdam UMC, locatie AMC. De helpdesk statistiek biedt statistische ondersteuning aan AMC onderzoekers bij het ontwerpen, uitvoeren en rapporteren van statistische analyses. Daarnaast ontwikkelen we ondersteunende producten die toegankelijke uitleg geven over het gebruik van statistiek en statistische software in het medisch onderzoek. Medewerkers van Amsterdam UMC, locatie AMC kunnen via [https://intranet.amc.nl/web/organisatie/clusters/afdelingsoverzicht/ams-ccr/diensten-1/helpdesk-statistiek.htm intranet] statistische ondersteuning aanvragen.

	</div>		</div>

M Wolvers: /* Schema welke toets bij welke vergelijking */

2023-01-10T13:48:08Z

Schema welke toets bij welke vergelijking

← Older revision		Revision as of 15:48, 10 January 2023
Line 36:		Line 36:
	! style="background:#efefef;" rowspan="2"\| categorisch (discreet)		! style="background:#efefef;" rowspan="2"\| categorisch (discreet)
	! style= height="100" \| binair		! style= height="100" \| binair
	\| style="" \|[[z-test voor proporties]]		\| style="" \|[[z-test voor proporties \| tests voor enkele proportie]]
	\| style="" \|[[McNemar toets]]		\| style="" \|[[McNemar toets]]
	\| style="" \|[[Chi-kwadraat toets]]/		\| style="" \|[[Chi-kwadraat toets]]/

M Wolvers at 12:09, 21 April 2022

2022-04-21T12:09:07Z

Show changes

Nan van Geloven: /* Hoe beoordeel ik normaliteit bij een klein aantal observaties? */

2020-01-28T14:45:02Z

Hoe beoordeel ik normaliteit bij een klein aantal observaties?

← Older revision		Revision as of 16:45, 28 January 2020
Line 165:		Line 165:
	''Voor een artikel wat ik aan het schrijven ben moet ik enkele statistische analyses doen waarbij het voor mij onduidelijk is hoe ik moet beoordelen of de te gebruiken data wel of niet normaal verdeeld zijn. Het betreft kleine aantallen proefpersonen (<10 patienten met voor en nameting gezien zeldzame ziektebeeld). Hierbij gaat het om algemene zaken als lichaamsgewicht en cholesterolinname en om specifiekere zaken als uitslagen van PET/CT- en MRI-scans. Een plot of histogram zegt hierbij denk ik niet zo veel (lijkt niet normaal, maar gewicht in de populatie is dat bijvoorbeeld wel). Kunt u mij vertellen hoe ik bij dit soort getallen kan beoordelen of iets wel of niet normaal verdeeld is? Is hier een stelregel voor bij kleine getallen?		''Voor een artikel wat ik aan het schrijven ben moet ik enkele statistische analyses doen waarbij het voor mij onduidelijk is hoe ik moet beoordelen of de te gebruiken data wel of niet normaal verdeeld zijn. Het betreft kleine aantallen proefpersonen (<10 patienten met voor en nameting gezien zeldzame ziektebeeld). Hierbij gaat het om algemene zaken als lichaamsgewicht en cholesterolinname en om specifiekere zaken als uitslagen van PET/CT- en MRI-scans. Een plot of histogram zegt hierbij denk ik niet zo veel (lijkt niet normaal, maar gewicht in de populatie is dat bijvoorbeeld wel). Kunt u mij vertellen hoe ik bij dit soort getallen kan beoordelen of iets wel of niet normaal verdeeld is? Is hier een stelregel voor bij kleine getallen?

	Bij twijfel over het mogen aannemen van een normale verdeling in het algemeen kan inderdaad kennis over de verdeling in de totale populatie doorslag geven. In geval van kleine aantallen echter speelt er een ander probleem. Er zal bij kleine aantallen geen betrouwbare schatting gemaakt kunnen worden van het gemiddelde en de standaard deviatie. Dus ook al is er een onderliggende normale verdeling, zal met de beschikbare data niet goed de parameters van die verdeling geschat kunnen worden. Om die reden is het bij twijfel over normaliteit en (echt) kleine aantallen aan te raden om geen normaliteit aan te nemen uit te wijken naar non-parametrische toetsen.		Bij twijfel over het mogen aannemen van een normale verdeling in het algemeen kan inderdaad kennis over de verdeling in de totale populatie doorslag geven. In geval van kleine aantallen echter speelt er een ander probleem. Er zal bij kleine aantallen geen betrouwbare schatting gemaakt kunnen worden van het gemiddelde en de standaard deviatie. Dus ook al is er een onderliggende normale verdeling, zal met de beschikbare data niet goed de parameters van die verdeling geschat kunnen worden. Om die reden is het bij twijfel over normaliteit en (echt) kleine aantallen aan te raden om geen normaliteit aan te nemen uit te wijken naar non-parametrische toetsen. Met echt klein kun je denken aan <25, zie ook dit artikel <cite>[cessie2020]</cite>.

	=Hoe kan ik in SPSS mijn data transformeren?=		=Hoe kan ik in SPSS mijn data transformeren?=

← Older revision		Revision as of 15:16, 23 May 2024
Line 36:		Line 36:
	! style="background:#efefef;" rowspan="2"\| categorisch (discreet)		! style="background:#efefef;" rowspan="2"\| categorisch (discreet)
	! style= height="100" \| binair		! style= height="100" \| binair
	\| style="" \|[[~~z-test voor~~ proporties \| tests voor enkele proportie]]		\| style="" \|[[proporties \| tests voor enkele proportie]]
	\| style="" \|[[McNemar toets]]		\| style="" \|[[McNemar toets]]
	\| style="" \|[[Chi-kwadraat toets]]/		\| style="" \|[[Chi-kwadraat toets]]/

← Older revision		Revision as of 15:48, 10 January 2023
Line 36:		Line 36:
	! style="background:#efefef;" rowspan="2"\| categorisch (discreet)		! style="background:#efefef;" rowspan="2"\| categorisch (discreet)
	! style= height="100" \| binair		! style= height="100" \| binair
	\| style="" \|[[z-test voor proporties]]		\| style="" \|[[z-test voor proporties \| tests voor enkele proportie]]
	\| style="" \|[[McNemar toets]]		\| style="" \|[[McNemar toets]]
	\| style="" \|[[Chi-kwadraat toets]]/		\| style="" \|[[Chi-kwadraat toets]]/