Statistische software - Revision history

M Wolvers: /* Meta-analyses */

2024-06-27T13:48:54Z

Meta-analyses

← Older revision		Revision as of 15:48, 27 June 2024
Line 51:		Line 51:

	Let op: Voor diagnostische meta-analyse voldoen de meta-analyseroutines in RevMan en SPSS versie 28 niet. In dat geval zijn namelijk twee uitkomstmaten relevant (bijvoorbeeld proportion true positives en proportion false positives); deze zijn afhankelijk van elkaar en wil je tegelijkertijd/binnen één model analyseren. Dergelijke geavanceerdere analyses worden wel elders aangeboden, waaronder [https://methods.cochrane.org/sdt/software-meta-analysis-dta-studies in SAS, R en STATA] en in [http://www.nihrcrsu.org/guidance/apps/ op R gebaseerde (web)applicaties].		Let op: Voor diagnostische meta-analyse voldoen de meta-analyseroutines in RevMan en SPSS versie 28 niet. In dat geval zijn namelijk twee uitkomstmaten relevant (bijvoorbeeld proportion true positives en proportion false positives); deze zijn afhankelijk van elkaar en wil je tegelijkertijd/binnen één model analyseren. Dergelijke geavanceerdere analyses worden wel elders aangeboden, waaronder [https://methods.cochrane.org/sdt/software-meta-analysis-dta-studies in SAS, R en STATA] en in [http://www.nihrcrsu.org/guidance/apps/ op R gebaseerde (web)applicaties].

			{{onderschrift}}

M Wolvers: /* Overige software en links */

2024-06-27T13:48:46Z

Overige software en links

← Older revision		Revision as of 15:48, 27 June 2024
Line 51:		Line 51:

	Let op: Voor diagnostische meta-analyse voldoen de meta-analyseroutines in RevMan en SPSS versie 28 niet. In dat geval zijn namelijk twee uitkomstmaten relevant (bijvoorbeeld proportion true positives en proportion false positives); deze zijn afhankelijk van elkaar en wil je tegelijkertijd/binnen één model analyseren. Dergelijke geavanceerdere analyses worden wel elders aangeboden, waaronder [https://methods.cochrane.org/sdt/software-meta-analysis-dta-studies in SAS, R en STATA] en in [http://www.nihrcrsu.org/guidance/apps/ op R gebaseerde (web)applicaties].		Let op: Voor diagnostische meta-analyse voldoen de meta-analyseroutines in RevMan en SPSS versie 28 niet. In dat geval zijn namelijk twee uitkomstmaten relevant (bijvoorbeeld proportion true positives en proportion false positives); deze zijn afhankelijk van elkaar en wil je tegelijkertijd/binnen één model analyseren. Dergelijke geavanceerdere analyses worden wel elders aangeboden, waaronder [https://methods.cochrane.org/sdt/software-meta-analysis-dta-studies in SAS, R en STATA] en in [http://www.nihrcrsu.org/guidance/apps/ op R gebaseerde (web)applicaties].

	~~==Overige software en links==~~

	~~===Confidence Interval Analysis===~~
	Het programma Confidence Interval Analysis (CIA), behorend bij het boek "Statistics with confidence" is helemaal gewijd aan het berekenen van betrouwbaarheidsintervallen. Er is een simpele versie van CIA in de CDW aan te vragen.

	~~{{onderschrift}}~~

M Wolvers: /* Meta-analyses */

2024-05-14T12:41:15Z

Meta-analyses

← Older revision		Revision as of 14:41, 14 May 2024
Line 48:		Line 48:
	* Ook de meest recente versies van SPSS bieden verschillende voorgeprogrammeerde routines. In [https://www.ibm.com/docs/en/spss-statistics/28.0.0?topic=features-meta-analysis deze SPSS-documentatie] vind je welke.		* Ook de meest recente versies van SPSS bieden verschillende voorgeprogrammeerde routines. In [https://www.ibm.com/docs/en/spss-statistics/28.0.0?topic=features-meta-analysis deze SPSS-documentatie] vind je welke.

	Let op: Voor diagnostische meta-analyse voldoen de meta-analyseroutines in SPSS versie 28 niet. In dat geval zijn namelijk twee uitkomstmaten relevant (bijvoorbeeld proportion true positives en proportion false positives); deze zijn afhankelijk van elkaar en wil je tegelijkertijd/binnen één model analyseren. Dergelijke geavanceerdere analyses worden wél aangeboden in R en op R gebaseerde (web)applicaties. Op [http://www.nihrcrsu.org/guidance/apps/ deze website] vind je een handige opsomming van deze webapplicaties.		Naast de algemene statistiekpakketten is Review Manager (RevMan) een veelgebruikte optie. RevMan is ontworpen om een Cochrane Review te schrijven en faciliteert (als enige in dit rijtje) zowel data-extractie als verschillende typen meta-analyses. De (offline) desktopversie ([https://community.cochrane.org/news/what-you-need-know-about-improvements-data-management-revman RevMan 5]) wordt echter niet langer ondersteund door Cochrane. In plaats daarvan is RevMan Web gekomen, daarvoor is een Cochrane-account nodig.

	Naast de algemene statistiekpakketten is Review Manager (RevMan) een veelgebruikte optie. RevMan is ontworpen om een Cochrane Review te schrijven en faciliteert (als enige in dit rijtje) zowel data-extractie als verschillende typen meta-analyses. De (offline) desktopversie ([https://community.cochrane.org/news/what-you-need-know-about-improvements-data-management-revman RevMan 5]) wordt echter niet langer ondersteund door Cochrane. In plaats daarvan is RevMan Web gekomen, daarvoor is een Cochrane-account nodig.

			Let op: Voor diagnostische meta-analyse voldoen de meta-analyseroutines in RevMan en SPSS versie 28 niet. In dat geval zijn namelijk twee uitkomstmaten relevant (bijvoorbeeld proportion true positives en proportion false positives); deze zijn afhankelijk van elkaar en wil je tegelijkertijd/binnen één model analyseren. Dergelijke geavanceerdere analyses worden wel elders aangeboden, waaronder [https://methods.cochrane.org/sdt/software-meta-analysis-dta-studies in SAS, R en STATA] en in [http://www.nihrcrsu.org/guidance/apps/ op R gebaseerde (web)applicaties].

	==Overige software en links==		==Overige software en links==

M Wolvers: Vooral gedeelte over meta-analyse geupdatet

2024-05-14T12:20:12Z

Vooral gedeelte over meta-analyse geupdatet

← Older revision		Revision as of 14:20, 14 May 2024
Line 20:		Line 20:

	===Stata===		===Stata===


	===SAS===		===SAS===

	==~~Randomisatie software~~==		==Randomisatiesoftware==

	Het heeft de voorkeur om de randomisatie van een RCT computergestuurd en/of door een onafhankelijk persoon te laten plaatsvinden. Twee computergestuurde opties hiervoor zijn ALEA en Castor.		Het heeft de voorkeur om de randomisatie van een RCT computergestuurd en/of door een onafhankelijk persoon te laten plaatsvinden. Twee computergestuurde opties hiervoor zijn ALEA en Castor.
Line 41:		Line 40:

	==Meta-analyses==		==Meta-analyses==
	De algemene ~~pakketten om statistische analyses uit te voeren bieden in~~ het ~~algemeen geen voorgeprogrammeerde routines om~~ meta-analyses ~~uit te voeren.~~		Binnen de algemene statistiekpakketten zijn er meerdere opties voor het uitvoeren van meta-analyses:
	*~~SPSS heeft geen voorgeprogrammeerde routines~~ om meta-analyses uit te voeren. ~~Op internet kom je verschillende syntax bestanden en macro's voor SPSS en Excel tegen~~. ~~Als je hiervoor kiest, wees bewust dat deze~~ de ~~benodigde parameters vaak niet op de juiste manier berekenen~~.
	*STATA heeft ~~geen~~ meta-analyse command, ~~maar gebruikers van dit pakket hebben~~ diverse packages ~~hiervoor~~ geschreven. Je kunt op de [~~http~~://www.stata.com/support/faqs/statistics/meta-analysis/ STATA website] meer hierover lezen.		* Er zijn diverse packages voor R om meta-analyses uit te voeren. Een goed startpunt is [https://cran.r-project.org/web/views/MetaAnalysis.html de CRAN task view meta-analysis].
	*~~Er zijn diverse packages voor R om~~ meta-analyses ~~uit te voeren~~. ~~Een goede beginpunt is de~~ [http://~~cran~~.~~r-project~~.org/~~web~~/~~views~~/~~MetaAnalysis~~.~~html CRAN task view~~ meta-~~analysis~~].
			* STATA heeft sinds versie 16 een meta-analyse command, bovendien zijn er diverse packages voor meta-analyse geschreven. Je kunt op deze [https://www.stata.com/support/faqs/statistics/meta-analysis/ STATA website] meer hierover lezen.

			* Ook de meest recente versies van SPSS bieden verschillende voorgeprogrammeerde routines. In [https://www.ibm.com/docs/en/spss-statistics/28.0.0?topic=features-meta-analysis deze SPSS-documentatie] vind je welke.

			Let op: Voor diagnostische meta-analyse voldoen de meta-analyseroutines in SPSS versie 28 niet. In dat geval zijn namelijk twee uitkomstmaten relevant (bijvoorbeeld proportion true positives en proportion false positives); deze zijn afhankelijk van elkaar en wil je tegelijkertijd/binnen één model analyseren. Dergelijke geavanceerdere analyses worden wél aangeboden in R en op R gebaseerde (web)applicaties. Op [http://www.nihrcrsu.org/guidance/apps/ deze website] vind je een handige opsomming van deze webapplicaties.

			Naast de algemene statistiekpakketten is Review Manager (RevMan) een veelgebruikte optie. RevMan is ontworpen om een Cochrane Review te schrijven en faciliteert (als enige in dit rijtje) zowel data-extractie als verschillende typen meta-analyses. De (offline) desktopversie ([https://community.cochrane.org/news/what-you-need-know-about-improvements-data-management-revman RevMan 5]) wordt echter niet langer ondersteund door Cochrane. In plaats daarvan is RevMan Web gekomen, daarvoor is een Cochrane-account nodig.

	~~Er zijn ook diverse programma's die gericht zijn op het uitvoeren van een meta-analyse.~~
	*[http://tech.cochrane.org/revman Review Manager (RevMan)] is een programma ontworpen om een Cochrane Review te schrijven en onthouden. Hiermee kan je verschillende typen meta-analyses uitvoeren. RevMan is in het AMC via de Centraal Digitale Werkplek zonder extra kosten beschikbaar.

	==Overige software en links==		==Overige software en links==

M Wolvers: /* Steekproefgrootte berekeningen en power analyses */

2024-05-13T11:14:25Z

Steekproefgrootte berekeningen en power analyses

← Older revision		Revision as of 13:14, 13 May 2024
Line 32:		Line 32:
	Castor is een online platform voor het bouwen van Electronic Case Report Forms (eCRFs). Op dit platform kan ook een vorm van randomisatie worden uitgevoerd: gestratificeerde blokrandomisatie met alternerende blokgroottes.		Castor is een online platform voor het bouwen van Electronic Case Report Forms (eCRFs). Op dit platform kan ook een vorm van randomisatie worden uitgevoerd: gestratificeerde blokrandomisatie met alternerende blokgroottes.

	==~~Steekproefgrootte berekeningen~~ en ~~power analyses~~==		==Steekproefgrootteberekeningen en poweranalyses==

	===nQuery Advisor===		===nQuery Advisor===

M Wolvers: /* nQuery Advisor */

2024-05-13T11:13:56Z

nQuery Advisor

← Older revision		Revision as of 13:13, 13 May 2024
Line 35:		Line 35:

	===nQuery Advisor===		===nQuery Advisor===
	Voor het berekenen van [[poweranalyse\|sample sizes]] is binnen ~~het AMC~~ het programma nQuery Advisor beschikbaar. nQuery is een gevalideerd en gebruikersvriendelijk programma dat de mogelijkheid biedt om voor diverse onderzoeksdesigns en type data de gewenste groepsgrootte en statistische power te berekenen. ~~nQuery is binnen de CDW voor alle AMC medewerkers aan te vragen.~~		Voor het berekenen van [[poweranalyse\|sample sizes]] is binnen Amsterdam UMC het programma nQuery Advisor beschikbaar. nQuery is een gevalideerd en gebruikersvriendelijk programma dat de mogelijkheid biedt om voor diverse onderzoeksdesigns en type data de gewenste groepsgrootte en statistische power te berekenen.

	===PASS===		===PASS===

M Wolvers: /* Randomisatie software */

2022-04-25T15:13:52Z

Randomisatie software

← Older revision		Revision as of 17:13, 25 April 2022
Line 26:		Line 26:
	==Randomisatie software==		==Randomisatie software==

	Het heeft de voorkeur om de randomisatie van een RCT door een onafhankelijk persoon te laten ~~gebeuren~~. ~~Binnen het AMC ondersteunt de Clinical Research Unit randomisaties~~. ~~Hiervoor wordt het programma ALEA gebruikt~~. ALEA is een door het Nederlands Kanker Instituut ontworpen applicatie~~. Dit systeem wordt momenteel door een consortium van 10 Europese universitair medische centra gebruikt~~. ALEA is gevalideerd voor toepassing in GCP trials. Met ALEA kun je de randomisatie procedure online uitvoeren. Bij inclusie van een nieuwe ~~patient~~ kan via het web opgevraagd worden naar welke studiearm deze ~~patient~~ gerandomiseerd is. Patiënten worden via de ALEA website gerandomiseerd in een eigen afgeschermde studie implementatie. Met ALEA kunnen alle typen gerandomiseerde studies ondersteund worden.		Het heeft de voorkeur om de randomisatie van een RCT computergestuurd en/of door een onafhankelijk persoon te laten plaatsvinden. Twee computergestuurde opties hiervoor zijn ALEA en Castor.

			[https://www.aleaclinical.eu/ ALEA] is een door het Nederlands Kanker Instituut ontworpen applicatie. ALEA is gevalideerd voor toepassing in GCP trials. Met ALEA kun je de randomisatie procedure online uitvoeren. Bij inclusie van een nieuwe patiënt kan via het web opgevraagd worden naar welke studiearm deze patiënt gerandomiseerd is. Patiënten worden via de ALEA website gerandomiseerd in een eigen afgeschermde studie implementatie. Met ALEA kunnen alle typen gerandomiseerde studies ondersteund worden.

			Castor is een online platform voor het bouwen van Electronic Case Report Forms (eCRFs). Op dit platform kan ook een vorm van randomisatie worden uitgevoerd: gestratificeerde blokrandomisatie met alternerende blokgroottes.

	==Steekproefgrootte berekeningen en power analyses==		==Steekproefgrootte berekeningen en power analyses==

Rebecca Holman: /* Overige software en links */

2018-10-03T14:42:12Z

Overige software en links

← Older revision		Revision as of 16:42, 3 October 2018
Line 49:		Line 49:
	===Confidence Interval Analysis===		===Confidence Interval Analysis===
	Het programma Confidence Interval Analysis (CIA), behorend bij het boek "Statistics with confidence" is helemaal gewijd aan het berekenen van betrouwbaarheidsintervallen. Er is een simpele versie van CIA in de CDW aan te vragen.		Het programma Confidence Interval Analysis (CIA), behorend bij het boek "Statistics with confidence" is helemaal gewijd aan het berekenen van betrouwbaarheidsintervallen. Er is een simpele versie van CIA in de CDW aan te vragen.

	~~===Statpages===~~
	~~[http://statpages.org/ http://statpages.org] Een overzichtsite met links naar honderden pagina's met gratis statistische software op het internet.~~

	{{onderschrift}}		{{onderschrift}}

Rebecca Holman: /* Confidence Interval Analysis */

2018-10-03T14:41:44Z

Confidence Interval Analysis

← Older revision		Revision as of 16:41, 3 October 2018
Line 48:		Line 48:

	===Confidence Interval Analysis===		===Confidence Interval Analysis===
	Het programma Confidence Interval Analysis (CIA), behorend bij het boek "Statistics with confidence" is helemaal gewijd aan het berekenen van betrouwbaarheidsintervallen. Er is een simpele versie van CIA te ~~downloaden vanaf de CRU website onder [http://www.amc-cru.nl/tools.aspx Tools (AMC intranet)]~~.		Het programma Confidence Interval Analysis (CIA), behorend bij het boek "Statistics with confidence" is helemaal gewijd aan het berekenen van betrouwbaarheidsintervallen. Er is een simpele versie van CIA in de CDW aan te vragen.

	===Statpages===		===Statpages===

Rebecca Holman: /* Meta-analyses */

2018-10-03T14:41:09Z

Meta-analyses

← Older revision		Revision as of 16:41, 3 October 2018
Line 44:		Line 44:
	Er zijn ook diverse programma's die gericht zijn op het uitvoeren van een meta-analyse.		Er zijn ook diverse programma's die gericht zijn op het uitvoeren van een meta-analyse.
	*[http://tech.cochrane.org/revman Review Manager (RevMan)] is een programma ontworpen om een Cochrane Review te schrijven en onthouden. Hiermee kan je verschillende typen meta-analyses uitvoeren. RevMan is in het AMC via de Centraal Digitale Werkplek zonder extra kosten beschikbaar.		*[http://tech.cochrane.org/revman Review Manager (RevMan)] is een programma ontworpen om een Cochrane Review te schrijven en onthouden. Hiermee kan je verschillende typen meta-analyses uitvoeren. RevMan is in het AMC via de Centraal Digitale Werkplek zonder extra kosten beschikbaar.
	*[http://www.cebm.brown.edu/openmeta/ OpenMeta[Analyst]] is een open source programma om meta-analyses uit te voeren. Zeer gebruiksvriendelijke interface.
	* Een oude/verlopen versie van OpenMeta is [http://metaanalyst.software.informer.com/3.1b/ MetaAnalyst]. Let wel: voor succesvolle installatie is 1 extra stap nodig: "The operating system, being European, wants to use commas instead of decimals. It will have trouble parsing the conf file. Please go to the MetaAnalyst directory (e.g., C:\Program Files\MetaAnalyst) and open the file "ma.conf" in any text editor (e.g., notepad). Where it now reads: "ci = .95" change it to: "ci = ,95". Save the file as ma.conf and it will work."

	==Overige software en links==		==Overige software en links==