Statistische software: Difference between revisions
(→R) |
m (→Meta-analyses) |
||
| (37 intermediate revisions by 3 users not shown) | |||
| Line 1: | Line 1: | ||
{{auteurs| | {{auteurs| | ||
|mainauthor= [[user:Nan van Geloven|ir. N van Geloven]] | |mainauthor= [[user:Nan van Geloven|dr. ir. N van Geloven]] | ||
|coauthor= | |coauthor= | ||
}} | }} | ||
==R== | |||
==Algemene statistische pakketten== | |||
===SPSS=== | |||
SPSS (voluit: ''Statistical Package for the Social Sciences'') is verreweg het meest gebruikte pakket in het medisch onderzoek vanwege de gebruiksvriendelijkheid (bijna alle analyses zijn via menu's te starten). | |||
*[https://wikistatistiek.amc.nl/images/Handleiding_voor_SPSS_20_%28versie_1.0%29.pdf Handleiding basisanalyses in SPSS] geschreven door Saskia le Cessie (LUMC) - Deze handleiding beperkt zich tot de binnen het medisch onderzoek meest gebruikte statistische methoden zoals beschrijvende statistiek, het maken van grafieken, de statistische methoden voor het vergelijken van twee of meer groepen waarnemingen, het berekenen van correlaties en het uitvoeren van lineaire, logistische en Cox proportional hazard regressie. | |||
===R=== | |||
R is een vrij verkrijgbaar statistisch pakket te downloaden op [http://www.r-project.org/ http://www.r-project.org]. Ga naar Download -> CRAN, selecteer een 'mirror' en installeer het pakket. Omdat R een zogeheten open source structuur kent, zijn nieuwe statistische ontwikkeling direct beschikbaar via nieuwe downloadbare packages. Het is een zeer krachtig en flexibel pakket. | R is een vrij verkrijgbaar statistisch pakket te downloaden op [http://www.r-project.org/ http://www.r-project.org]. Ga naar Download -> CRAN, selecteer een 'mirror' en installeer het pakket. Omdat R een zogeheten open source structuur kent, zijn nieuwe statistische ontwikkeling direct beschikbaar via nieuwe downloadbare packages. Het is een zeer krachtig en flexibel pakket. | ||
* Introductiemanual : [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Verzani-SimpleR.pdf Simple statistical analyses in R.pdf]. Als je de eerste paar pagina's van deze manual doorloopt, weet je de basics van het pakket. | |||
*Introductiemanual : [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Verzani-SimpleR.pdf Simple statistical analyses in R.pdf]. Als je de eerste paar pagina's van deze manual doorloopt, weet je de basics van het pakket. | |||
* [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Short-refcard.pdf Short-refcard] Handige spiekkaart met veelgebruikte functies in R. | * [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Short-refcard.pdf Short-refcard] Handige spiekkaart met veelgebruikte functies in R. | ||
* Handig Youtube instructiefilmpjes over het importeren data uit SPSS in R: [http://youtu.be/gQTASLjgviE filmpje1], [http://youtu.be/jGPl8I6lSsM filmpje2], [http://youtu.be/9kImnwZHQyc filmpje3]. | |||
* Youtube kanaal [http://www.youtube.com/playlist?list=PLOU2XLYxmsIK9qQfztXeybpHvru-TrqAP 'Intro to R']. | |||
===Stata=== | |||
===SAS=== | |||
==Randomisatiesoftware== | |||
Het heeft de voorkeur om de randomisatie van een RCT computergestuurd en/of door een onafhankelijk persoon te laten plaatsvinden. Twee computergestuurde opties hiervoor zijn ALEA en Castor. | |||
[https://www.aleaclinical.eu/ ALEA] is een door het Nederlands Kanker Instituut ontworpen applicatie. ALEA is gevalideerd voor toepassing in GCP trials. Met ALEA kun je de randomisatie procedure online uitvoeren. Bij inclusie van een nieuwe patiënt kan via het web opgevraagd worden naar welke studiearm deze patiënt gerandomiseerd is. Patiënten worden via de ALEA website gerandomiseerd in een eigen afgeschermde studie implementatie. Met ALEA kunnen alle typen gerandomiseerde studies ondersteund worden. | |||
Castor is een online platform voor het bouwen van Electronic Case Report Forms (eCRFs). Op dit platform kan ook een vorm van randomisatie worden uitgevoerd: gestratificeerde blokrandomisatie met alternerende blokgroottes. | |||
== | ==Steekproefgrootteberekeningen en poweranalyses== | ||
===nQuery Advisor=== | |||
Voor het berekenen van [[poweranalyse|sample sizes]] is binnen Amsterdam UMC het programma nQuery Advisor beschikbaar. nQuery is een gevalideerd en gebruikersvriendelijk programma dat de mogelijkheid biedt om voor diverse onderzoeksdesigns en type data de gewenste groepsgrootte en statistische power te berekenen. | |||
===PASS=== | |||
PASS is een alternatief programma voor het berekenen van [[poweranalyse|sample sizes]]. Het ondersteunt meer verschillende designs dan nQuery. Een gratis trialversie van het programma is te downloaden via [http://www.ncss.com/download/pass/free-trial/ de website van PASS]. | |||
== | ==Meta-analyses== | ||
Binnen de algemene statistiekpakketten zijn er meerdere opties voor het uitvoeren van meta-analyses: | |||
* Er zijn diverse packages voor R om meta-analyses uit te voeren. Een goed startpunt is [https://cran.r-project.org/web/views/MetaAnalysis.html de CRAN task view meta-analysis]. | |||
* STATA heeft sinds versie 16 een meta-analyse command, bovendien zijn er diverse packages voor meta-analyse geschreven. Je kunt op deze [https://www.stata.com/support/faqs/statistics/meta-analysis/ STATA website] meer hierover lezen. | |||
* Ook de meest recente versies van SPSS bieden verschillende voorgeprogrammeerde routines. In [https://www.ibm.com/docs/en/spss-statistics/28.0.0?topic=features-meta-analysis deze SPSS-documentatie] vind je welke. | |||
[https:// | |||
Naast de algemene statistiekpakketten is Review Manager (RevMan) een veelgebruikte optie. RevMan is ontworpen om een Cochrane Review te schrijven en faciliteert (als enige in dit rijtje) zowel data-extractie als verschillende typen meta-analyses. De (offline) desktopversie ([https://community.cochrane.org/news/what-you-need-know-about-improvements-data-management-revman RevMan 5]) wordt echter niet langer ondersteund door Cochrane. In plaats daarvan is RevMan Web gekomen, daarvoor is een Cochrane-account nodig. | |||
Let op: Voor diagnostische meta-analyse voldoen de meta-analyseroutines in RevMan en SPSS versie 28 niet. In dat geval zijn namelijk twee uitkomstmaten relevant (bijvoorbeeld proportion true positives en proportion false positives); deze zijn afhankelijk van elkaar en wil je tegelijkertijd/binnen één model analyseren. Dergelijke geavanceerdere analyses worden wel elders aangeboden, waaronder [https://methods.cochrane.org/sdt/software-meta-analysis-dta-studies in SAS, R en STATA] en in [http://www.nihrcrsu.org/guidance/apps/ op R gebaseerde (web)applicaties]. | |||
{{onderschrift}} | |||
Latest revision as of 14:48, 27 June 2024
| Auteur | dr. ir. N van Geloven | |
| Co-Auteur | ||
| auteurschap op deze site | ||
Algemene statistische pakketten
SPSS
SPSS (voluit: Statistical Package for the Social Sciences) is verreweg het meest gebruikte pakket in het medisch onderzoek vanwege de gebruiksvriendelijkheid (bijna alle analyses zijn via menu's te starten).
- Handleiding basisanalyses in SPSS geschreven door Saskia le Cessie (LUMC) - Deze handleiding beperkt zich tot de binnen het medisch onderzoek meest gebruikte statistische methoden zoals beschrijvende statistiek, het maken van grafieken, de statistische methoden voor het vergelijken van twee of meer groepen waarnemingen, het berekenen van correlaties en het uitvoeren van lineaire, logistische en Cox proportional hazard regressie.
R
R is een vrij verkrijgbaar statistisch pakket te downloaden op http://www.r-project.org. Ga naar Download -> CRAN, selecteer een 'mirror' en installeer het pakket. Omdat R een zogeheten open source structuur kent, zijn nieuwe statistische ontwikkeling direct beschikbaar via nieuwe downloadbare packages. Het is een zeer krachtig en flexibel pakket.
- Introductiemanual : Simple statistical analyses in R.pdf. Als je de eerste paar pagina's van deze manual doorloopt, weet je de basics van het pakket.
- Short-refcard Handige spiekkaart met veelgebruikte functies in R.
- Handig Youtube instructiefilmpjes over het importeren data uit SPSS in R: filmpje1, filmpje2, filmpje3.
- Youtube kanaal 'Intro to R'.
Stata
SAS
Randomisatiesoftware
Het heeft de voorkeur om de randomisatie van een RCT computergestuurd en/of door een onafhankelijk persoon te laten plaatsvinden. Twee computergestuurde opties hiervoor zijn ALEA en Castor.
ALEA is een door het Nederlands Kanker Instituut ontworpen applicatie. ALEA is gevalideerd voor toepassing in GCP trials. Met ALEA kun je de randomisatie procedure online uitvoeren. Bij inclusie van een nieuwe patiënt kan via het web opgevraagd worden naar welke studiearm deze patiënt gerandomiseerd is. Patiënten worden via de ALEA website gerandomiseerd in een eigen afgeschermde studie implementatie. Met ALEA kunnen alle typen gerandomiseerde studies ondersteund worden.
Castor is een online platform voor het bouwen van Electronic Case Report Forms (eCRFs). Op dit platform kan ook een vorm van randomisatie worden uitgevoerd: gestratificeerde blokrandomisatie met alternerende blokgroottes.
Steekproefgrootteberekeningen en poweranalyses
nQuery Advisor
Voor het berekenen van sample sizes is binnen Amsterdam UMC het programma nQuery Advisor beschikbaar. nQuery is een gevalideerd en gebruikersvriendelijk programma dat de mogelijkheid biedt om voor diverse onderzoeksdesigns en type data de gewenste groepsgrootte en statistische power te berekenen.
PASS
PASS is een alternatief programma voor het berekenen van sample sizes. Het ondersteunt meer verschillende designs dan nQuery. Een gratis trialversie van het programma is te downloaden via de website van PASS.
Meta-analyses
Binnen de algemene statistiekpakketten zijn er meerdere opties voor het uitvoeren van meta-analyses:
- Er zijn diverse packages voor R om meta-analyses uit te voeren. Een goed startpunt is de CRAN task view meta-analysis.
- STATA heeft sinds versie 16 een meta-analyse command, bovendien zijn er diverse packages voor meta-analyse geschreven. Je kunt op deze STATA website meer hierover lezen.
- Ook de meest recente versies van SPSS bieden verschillende voorgeprogrammeerde routines. In deze SPSS-documentatie vind je welke.
Naast de algemene statistiekpakketten is Review Manager (RevMan) een veelgebruikte optie. RevMan is ontworpen om een Cochrane Review te schrijven en faciliteert (als enige in dit rijtje) zowel data-extractie als verschillende typen meta-analyses. De (offline) desktopversie (RevMan 5) wordt echter niet langer ondersteund door Cochrane. In plaats daarvan is RevMan Web gekomen, daarvoor is een Cochrane-account nodig.
Let op: Voor diagnostische meta-analyse voldoen de meta-analyseroutines in RevMan en SPSS versie 28 niet. In dat geval zijn namelijk twee uitkomstmaten relevant (bijvoorbeeld proportion true positives en proportion false positives); deze zijn afhankelijk van elkaar en wil je tegelijkertijd/binnen één model analyseren. Dergelijke geavanceerdere analyses worden wel elders aangeboden, waaronder in SAS, R en STATA en in op R gebaseerde (web)applicaties.
Klaar met lezen? Je kunt naar het OVERZICHT van alle statistische onderwerpen op deze wiki gaan of naar de pagina KEUZE TOETS voor hulp bij het uitzoeken van een geschikte toets of analyse. Wil je meer leren over biostatistiek? Volg dan de AMC e-learning Practical Biostatistics. Vind je op deze pagina's iets dat niet klopt? Werkt een link niet? Of wil je bijdragen aan de wiki? Neem dan contact met ons op.
De wiki biostatistiek is een initiatief van de voormalige helpdesk statistiek van Amsterdam UMC, locatie AMC. Medewerkers van Amsterdam UMC kunnen via intranet ondersteuning aanvragen.