Statistische software: Difference between revisions

From Wikistatistiek
Jump to navigation Jump to search
 
(63 intermediate revisions by 5 users not shown)
Line 1: Line 1:
==R==
{{auteurs|
R is een vrij verkrijgbaar statistisch pakket te downloaden op [http://www.r-project.org/ http://www.r-project.org]. Ga naar Download -> CRAN, selecteer een 'mirror' en installeer het pakket. Omdat R een zogeheten open source structuur kent, zijn nieuwe statistische ontwikkeling direct beschikbaar in dit pakket. Het is een zeer krachtig en flexibel pakket.
|mainauthor= [[user:Nan van Geloven|dr. ir. N van Geloven]]
|coauthor= 
}}


*Introductiemanual: [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Verzani-SimpleR.pdf Simple statistical analyses in R.pdf]. Als je de eerste paar pagina's van deze manual doorloopt, weet je de basics van het pakket.
==Algemene statistische pakketten==


==SPSS==
===SPSS===
==Stata==
SPSS (voluit: ''Statistical Package for the Social Sciences'') is verreweg het meest gebruikte pakket in het medisch onderzoek vanwege de gebruiksvriendelijkheid (bijna alle analyses zijn via menu's te starten).
==SAS==
 
*[https://wikistatistiek.amc.nl/images/Handleiding_voor_SPSS_20_%28versie_1.0%29.pdf Handleiding basisanalyses in SPSS]  geschreven door Saskia le Cessie (LUMC) - Deze handleiding beperkt zich tot de binnen het medisch onderzoek meest gebruikte statistische methoden zoals beschrijvende statistiek, het maken van grafieken, de statistische methoden voor het vergelijken van twee of meer groepen waarnemingen, het berekenen van correlaties en het uitvoeren van lineaire, logistische en Cox proportional hazard regressie.
 
===R===
R is een vrij verkrijgbaar statistisch pakket te downloaden op [http://www.r-project.org/ http://www.r-project.org]. Ga naar Download -> CRAN, selecteer een 'mirror' en installeer het pakket. Omdat R een zogeheten open source structuur kent, zijn nieuwe statistische ontwikkeling direct beschikbaar via nieuwe downloadbare packages. Het is een zeer krachtig en flexibel pakket.
 
* Introductiemanual : [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Verzani-SimpleR.pdf Simple statistical analyses in R.pdf]. Als je de eerste paar pagina's van deze manual doorloopt, weet je de basics van het pakket.
* [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Short-refcard.pdf Short-refcard] Handige spiekkaart met veelgebruikte functies in R.
* Handig Youtube instructiefilmpjes over het importeren data uit SPSS in R: [http://youtu.be/gQTASLjgviE filmpje1], [http://youtu.be/jGPl8I6lSsM filmpje2], [http://youtu.be/9kImnwZHQyc filmpje3].
* Youtube kanaal [http://www.youtube.com/playlist?list=PLOU2XLYxmsIK9qQfztXeybpHvru-TrqAP 'Intro to R'].
 
===Stata===
 
 
===SAS===
 
==Randomisatie software==
 
Het heeft de voorkeur om de randomisatie van een RCT computergestuurd en/of door een onafhankelijk persoon te laten plaatsvinden. Twee computergestuurde opties hiervoor zijn ALEA en Castor.
 
[https://www.aleaclinical.eu/ ALEA] is een door het Nederlands Kanker Instituut ontworpen applicatie. ALEA is gevalideerd voor toepassing in GCP trials. Met ALEA kun je de randomisatie procedure online uitvoeren. Bij inclusie van een nieuwe patiënt kan via het web opgevraagd worden naar welke studiearm deze patiënt gerandomiseerd is. Patiënten worden via de ALEA website gerandomiseerd in een eigen afgeschermde studie implementatie. Met ALEA kunnen alle typen gerandomiseerde studies ondersteund worden.
 
Castor is een online platform voor het bouwen van Electronic Case Report Forms (eCRFs). Op dit platform kan ook een vorm van randomisatie worden uitgevoerd: gestratificeerde blokrandomisatie met alternerende blokgroottes.
 
==Steekproefgrootte berekeningen en power analyses==
 
===nQuery Advisor===
Voor het berekenen van [[poweranalyse|sample sizes]] is binnen het AMC het programma nQuery Advisor beschikbaar. nQuery is een gevalideerd en gebruikersvriendelijk programma dat de mogelijkheid biedt om voor diverse onderzoeksdesigns en type data de gewenste groepsgrootte en statistische power te berekenen. nQuery is binnen de CDW voor alle AMC medewerkers aan te vragen. 
 
===PASS===
PASS is een alternatief programma voor het berekenen van [[poweranalyse|sample sizes]]. Het ondersteunt meer verschillende designs dan nQuery. Een gratis trialversie van het programma is te downloaden via [http://www.ncss.com/download/pass/free-trial/ de website van PASS].
 
==Meta-analyses==
De algemene pakketten om statistische analyses uit te voeren bieden in het algemeen geen voorgeprogrammeerde routines om meta-analyses uit te voeren.
*SPSS heeft geen voorgeprogrammeerde routines om meta-analyses uit te voeren. Op internet kom je verschillende syntax bestanden en macro's voor SPSS en Excel tegen. Als je hiervoor kiest, wees bewust dat deze de benodigde parameters vaak niet op de juiste manier berekenen.
*STATA heeft geen meta-analyse command, maar gebruikers van dit pakket hebben diverse packages hiervoor geschreven. Je kunt op de [http://www.stata.com/support/faqs/statistics/meta-analysis/ STATA website] meer hierover lezen.
*Er zijn diverse packages voor R om meta-analyses uit te voeren. Een goede beginpunt is de [http://cran.r-project.org/web/views/MetaAnalysis.html CRAN task view meta-analysis].
 
Er zijn ook diverse programma's die gericht zijn op het uitvoeren van een meta-analyse.
*[http://tech.cochrane.org/revman Review Manager (RevMan)] is een programma ontworpen om een Cochrane Review te schrijven en onthouden. Hiermee kan je verschillende typen meta-analyses uitvoeren. RevMan is in het AMC via de Centraal Digitale Werkplek zonder extra kosten beschikbaar.
 
==Overige software en links==
 
===Confidence Interval Analysis===
Het programma Confidence Interval Analysis (CIA), behorend bij het boek "Statistics with confidence" is helemaal gewijd aan het berekenen van betrouwbaarheidsintervallen. Er is een simpele versie van CIA in de CDW aan te vragen.
 
{{onderschrift}}

Latest revision as of 16:13, 25 April 2022

Auteur dr. ir. N van Geloven
Co-Auteur
auteurschap op deze site

Algemene statistische pakketten

SPSS

SPSS (voluit: Statistical Package for the Social Sciences) is verreweg het meest gebruikte pakket in het medisch onderzoek vanwege de gebruiksvriendelijkheid (bijna alle analyses zijn via menu's te starten).

  • Handleiding basisanalyses in SPSS geschreven door Saskia le Cessie (LUMC) - Deze handleiding beperkt zich tot de binnen het medisch onderzoek meest gebruikte statistische methoden zoals beschrijvende statistiek, het maken van grafieken, de statistische methoden voor het vergelijken van twee of meer groepen waarnemingen, het berekenen van correlaties en het uitvoeren van lineaire, logistische en Cox proportional hazard regressie.

R

R is een vrij verkrijgbaar statistisch pakket te downloaden op http://www.r-project.org. Ga naar Download -> CRAN, selecteer een 'mirror' en installeer het pakket. Omdat R een zogeheten open source structuur kent, zijn nieuwe statistische ontwikkeling direct beschikbaar via nieuwe downloadbare packages. Het is een zeer krachtig en flexibel pakket.

Stata

SAS

Randomisatie software

Het heeft de voorkeur om de randomisatie van een RCT computergestuurd en/of door een onafhankelijk persoon te laten plaatsvinden. Twee computergestuurde opties hiervoor zijn ALEA en Castor.

ALEA is een door het Nederlands Kanker Instituut ontworpen applicatie. ALEA is gevalideerd voor toepassing in GCP trials. Met ALEA kun je de randomisatie procedure online uitvoeren. Bij inclusie van een nieuwe patiënt kan via het web opgevraagd worden naar welke studiearm deze patiënt gerandomiseerd is. Patiënten worden via de ALEA website gerandomiseerd in een eigen afgeschermde studie implementatie. Met ALEA kunnen alle typen gerandomiseerde studies ondersteund worden.

Castor is een online platform voor het bouwen van Electronic Case Report Forms (eCRFs). Op dit platform kan ook een vorm van randomisatie worden uitgevoerd: gestratificeerde blokrandomisatie met alternerende blokgroottes.

Steekproefgrootte berekeningen en power analyses

nQuery Advisor

Voor het berekenen van sample sizes is binnen het AMC het programma nQuery Advisor beschikbaar. nQuery is een gevalideerd en gebruikersvriendelijk programma dat de mogelijkheid biedt om voor diverse onderzoeksdesigns en type data de gewenste groepsgrootte en statistische power te berekenen. nQuery is binnen de CDW voor alle AMC medewerkers aan te vragen.

PASS

PASS is een alternatief programma voor het berekenen van sample sizes. Het ondersteunt meer verschillende designs dan nQuery. Een gratis trialversie van het programma is te downloaden via de website van PASS.

Meta-analyses

De algemene pakketten om statistische analyses uit te voeren bieden in het algemeen geen voorgeprogrammeerde routines om meta-analyses uit te voeren.

  • SPSS heeft geen voorgeprogrammeerde routines om meta-analyses uit te voeren. Op internet kom je verschillende syntax bestanden en macro's voor SPSS en Excel tegen. Als je hiervoor kiest, wees bewust dat deze de benodigde parameters vaak niet op de juiste manier berekenen.
  • STATA heeft geen meta-analyse command, maar gebruikers van dit pakket hebben diverse packages hiervoor geschreven. Je kunt op de STATA website meer hierover lezen.
  • Er zijn diverse packages voor R om meta-analyses uit te voeren. Een goede beginpunt is de CRAN task view meta-analysis.

Er zijn ook diverse programma's die gericht zijn op het uitvoeren van een meta-analyse.

  • Review Manager (RevMan) is een programma ontworpen om een Cochrane Review te schrijven en onthouden. Hiermee kan je verschillende typen meta-analyses uitvoeren. RevMan is in het AMC via de Centraal Digitale Werkplek zonder extra kosten beschikbaar.

Overige software en links

Confidence Interval Analysis

Het programma Confidence Interval Analysis (CIA), behorend bij het boek "Statistics with confidence" is helemaal gewijd aan het berekenen van betrouwbaarheidsintervallen. Er is een simpele versie van CIA in de CDW aan te vragen.

Klaar met lezen? Je kunt naar het OVERZICHT van alle statistische onderwerpen op deze wiki gaan of naar de pagina KEUZE TOETS voor hulp bij het uitzoeken van een geschikte toets of analyse. Wil je meer leren over biostatistiek? Volg dan de AMC e-learning Practical Biostatistics. Vind je op deze pagina's iets dat niet klopt? Werkt een link niet? Of wil je bijdragen aan de wiki? Neem dan contact met ons op.

De wiki biostatistiek is een initiatief van de helpdesk statistiek van Amsterdam UMC, locatie AMC. Medewerkers van Amsterdam UMC, locatie AMC kunnen via intranet ondersteuning aanvragen. Ondersteuning aan studenten of derden is niet mogelijk.